Hongoh Lab

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東京科学大学 大岡山キャンパス
西３号館 706号室

業績Publications

原著論文

下線のある著者は本郷研究室所属。*は責任著者。DOIをクリックするとサイトに移動します。

2024年
  1. Inagaki T.*, Igai K., Takahashi K., Hongoh Y. (2024) Transmission dynamics of symbiotic protist communities in the termite gut: association with host adult eclosion and dispersal. Royal Society Open Science 11(5): e231527. https://doi.org/10.1098/rsos.231527
  2. Kaneko M., Omori T., Igai K., Mabuchi T., Sakai-Tazawa M., Nishihara A., Kihara K., Yoshimura T., Ohkuma M., Hongoh Y.* (2024) Facultative endosymbiosis between cellulolytic protists and methanogenic archaea in the gut of the Formosan termite Coptotermes formosanus. ISME Communications 4(1): ycae097. https://doi.org/10.1093/ismeco/ycae097
2023年
  1. Takahashi K.* , Kuwahara H., Horikawa Y., Izawa K., Kato D., Inagaki T., Yuki M., Ohkuma M., Hongoh Y.* (2023) Emergence of putative energy parasites within Clostridia revealed by genome analysis of a novel endosymbiotic clade. The ISME Journal 17(11): 1895–1906. https://doi.org/10.1038/s41396-023-01502-0
  2. Thompson J. , Barr C., Babcock-Adams L.C., Bird L., Eugenio L., Garber A., Hongoh Y., Liu M., Nealson K.H., Okamoto A., Repeta D., Suzuki S., Tacto C., Tashjian M., Merino N.* (2023) Insights into the physiological and genomic characterization of three bacterial isolates from a highly alkaline, terrestrial serpentinizing system. Frontiers in Microbiology 14: e1179857. https://doi.org/10.3389/fmicb.2023.1179857
2022年
  1. Aoki Y.*, Yuki M., Shimizu M., Hongoh Y., Ohkuma M.*, Yamagata Y. (2022) Agarose gel microcapsules enable easy-to-prepare, picolitre-scale, single-cell genomics, yielding high-coverage genome sequences. Scientific Reports 12(1): e17014. https://doi.org/10.1038/s41598-022-20923-z
  2. Kinjo Y.*, Bourguignon T., Hongoh Y., Lo N., Tokuda G., Ohkuma M. (2022) Coevolution of metabolic pathways in Blattodea and their Blattabacterium endosymbionts, and comparisons with other insect-bacteria symbioses. Microbiology Spectrum 10(5): e0277922. https://doi.org/10.1128/spectrum.02779-22
  3. Nualkul M., Yuangsoi B., Hongoh Y., Yamada A., Deevong P.* (2022) Improving nutritional value and bioactivity of soybean meal in solid-state fermentation using Bacillus strains newly isolated from the gut of the termite Termes propinquus. FEMS Microbiology Letters 369(1): fnac044. https://doi.org/10.1093/femsle/fnac044
  4. Igai K.*, Kitade O., Fu J., Omata K., Yonezawa T., Ohkuma M., Hongoh Y.* (2022) Fine-scale genetic diversity and putative ecotypes of oxymonad protists coinhabiting the hindgut of Reticulitermes speratus. Molecular Ecology 31(4): 1317-1331. https://doi.org/10.1111/mec.16309
2020年
  1. Takeuchi M., Kuwahara H.*, Murakami T., Takahashi K., Kajitani R., Toyoda A., Itoh T., Ohkuma M., Hongoh Y.* (2020) Parallel reductive genome evolution in Desulfovibrio ectosymbionts independently acquired by Trichonympha protists in the termite gut. The ISME Journal 14(9): 2288-2301. https://doi.org/10.1038/s41396-020-0688-1
  2. Merino N.*, Kawai M., Boyd E.S., Colman D.R., McGlynn S.E., Nealson K., Kurokawa K., Hongoh Y.* (2020) Single-cell genomics of novel actinobacteria with the Wood-Ljungdahl pathway discovered in a serpentinizing system. Frontiers in Microbiology 11: e1031. https://doi.org/10.3389/fmicb.2020.01031
  3. Bourguignon T.*, Kinjo Y.*, Villa-Martín P., Coleman N.V., Tang Q., Arab D.A., Wang Z., Tokuda G., Hongoh Y., Ohkuma M., Ho S.Y.W., Pigolotti S., Lo N.* (2020) Increased mutation rate is linked to genome reduction in prokaryotes. Current Biology 30(19): 3848-3855. https://doi.org/10.1016/j.cub.2020.07.034
2019年
  1. Utami Y.D., Kuwahara H., Igai K., Murakami T., Sugaya K., Morikawa T., Nagura Y., Yuki M., Deevong P., Inoue T., Kihara K., Lo N., Yamada A., Ohkuma M., Hongoh Y.* (2019) Genome analyses of uncultured TG2/ZB3 bacteria in ‘Margulisbacteria’ specifically attached to ectosymbiotic spirochetes of protists in the termite gut. The ISME Journal 13(2): 455–467. https://doi.org/10.1038/s41396-018-0297-4
  2. Murakami T., Onouchi S., Igai K., Ohkuma M., Hongoh Y.* (2019) Ectosymbiotic bacterial microbiota densely colonize the surface of thelastomatid nematodes in the gut of the wood-feeding cockroach Panesthia angustipennis. FEMS Microbiology Ecology 95(2): fiy238. https://doi.org/10.1093/femsec/fiy238
2018年
  1. Utami Y.D., Kuwahara H., Murakami T., Morikawa T., Sugaya K., Kihara K., Yuki M., Lo N., Deevong P., Hasin S., Boonriam W., Inoue T., Yamada A., Ohkuma M., Hongoh Y.* (2018) Phylogenetic diversity and single-cell genome analysis of "Melainabacteria", a non-photosynthetic cyanobacterial group, in the termite gut. Microbes and Environments 33(1): 50–57. https://doi.org/10.1264/jsme2.ME17137
  2. Kinjo Y., Bourguignon T., Tong K.J., Kuwahara H., Lim S.J., Shigenobu S., Park Y.C., Nalepa C.A., Hongoh Y., Ohkuma M., Lo N., Tokuda G.* (2018) Parallel and gradual genome erosion in the Blattabacterium endosymbionts of Mastotermes darwiniensis and Cryptocercus wood roaches. Genome Biology and Evolution 10(6): 1622–1630. https://doi.org/10.1093/gbe/evy110
  3. Murakami T.*, Segawa T., Takeuchi N., Sepulveda G.B., Labarca P., Kohshima S., Hongoh Y. (2018) Metagenomic analyses highlight the symbiotic association between the glacier stonefly Andiperla willinki and its bacterial gut community. Environmental Microbiology 20(11): 4170–4183. https://doi.org/10.1111/1462-2920.14420 (雑誌の表紙に選出)
  4. Nishiyama E.*, Higashi K., Mori H., Suda K., Nakamura H., Omori S., Maruyama S., Hongoh Y., Kurokawa K. (2018) The relationship between microbial community structures and environmental parameters revealed by metagenomic analysis of hot spring water in the Kirishima area, Japan. Frontiers in Bioengineering and Biotechnology 6: e202. https://doi.org/10.3389/fbioe.2018.00202
2017年
  1. Yonezawa T., Segawa T., Mori H., Campos P.F., Hongoh Y., Endo H., Akiyoshi A., Kohno N., Nishida S., Wu J., Jin H., Adachi J., Kishino H., Kurokawa K., Nogi Y., Tanabe H., Mukoyama H., Yoshida K., Rasoamiaramanana A., Yamagishi S., Hayashi Y., Yoshida A., Koike H., Akishinonomiya F., Willerslev E.*, Hasegawa M.* (2017) Phylogenomics and morphology of extinct paleognaths reveal the origin and evolution of the ratites. Current Biology 27(1): 68–77. https://doi.org/10.1016/j.cub.2016.10.029
  2. Kuwahara H., Yuki M., Izawa K., Ohkuma M., Hongoh Y.* (2017) Genome of ‘Ca. Desulfovibrio trichonymphae’, an H2-oxidizing bacterium in a tripartite symbiotic system within a protist cell in the termite gut. The ISME Journal 11(3): 766–776. https://doi.org/10.1038/ismej.2016.143
  3. Murakami T.*, Segawa T., Dial R., Takeuchi N., Kohshima S., Hongoh Y. (2017) Bacterial microbiota associated with the glacier ice worm is dominated by both worm-specific and glacier-derived facultative lineages. Microbes and Environments 32(1): 32–3 https://doi.org/10.1264/jsme2.ME16158
  4. Pramono A.K., Kuwahara H., Itoh T., Toyoda A., Yamada A., Hongoh Y.* (2017) Discovery and complete genome sequence of a bacteriophage from an obligate intracellular symbiont of a cellulolytic protist in the termite gut. Microbes and Environments 32(2): 112–117. https://doi.org/10.1264/jsme2.ME16175
  5. Izawa K., Kuwahara H., Sugaya K., Lo N., Ohkuma M., Hongoh Y.* (2017) Discovery of ectosymbiotic Endomicrobium lineages associated with protists in the gut of stolotermitid termites. Environmental Microbiology Reports 9(4): 411–418. https://doi.org/10.1111/1758-2229.12549 (写真が2018年の雑誌の表紙に選出)
  6. Yuki M.*, Sakamoto M., Kuwahara H., Hongoh Y., Ohkuma M. (2017) Draft genome sequence of Lactococcus sp. strain Rs-Y01, isolated from the gut of the lower termite Reticulitermes speratus. Genome Announcements 5(38): e00999-17. https://doi.org/10.1128/genomea.00999-17
2016年
  1. Zheng H., Dietrich C., Hongoh Y., Brune A.* (2016) Restriction-modification systems as mobile genetic elements in the evolution of an intracellular symbiont. Molecular Biology and Evolution 33(3): 721–725. https://doi.org/10.1093/molbev/msv264
  2. Igai K.*, Itakura M., Nishijima S., Tsurumaru H., Suda W., Tsutaya T., Tomitsuka E., Tadokoro K., Baba J., Odani S., Natsuhara K., Morita A., Yoneda M., Greenhill A.R., Horwood P.F., Inoue J., Ohkuma M., Hongoh Y., Yamamoto T., Siba P.M., Hattori M., Minamisawa K., Umezaki M. (2016) Nitrogen fixation and nifH diversity in human gut microbiota. Scientific Reports 6: e31942. https://doi.org/10.1038/srep31942
  3. Izawa K., Kuwahara H., Kihara K., Yuki M., Lo N., Itoh T., Ohkuma M., Hongoh Y.* (2016) Comparison of intracellular “Ca. Endomicrobium trichonymphae” genomovars illuminates the requirement and decay of defense systems against foreign DNA. Genome Biology and Evolution 8(10): 3099–3107. https://doi.org/10.1093/gbe/evw227
  4. Mogi K., Shirataki C., Kihara K., Kuwahara H., Hongoh Y., Yamamoto T.* (2016) Trapping and isolation of single prokaryotic cells in a micro-chamber array using dielectrophoresis. RSC Advances 6(114): 113000–113006. https://doi.org/10.1039/C6RA21229H
2015年
  1. Pramono A.K.*, Sakamoto M.*, Iino T., Hongoh Y., Ohkuma M. (2015) Dysgonomonas termitidis sp. nov., isolated from the gut of the subterranean termite Reticulitermes speratus. International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology 65(Pt2):681–685. https://doi.org/10.1099/ijs.0.070391-0
  2. Inoue J., Oshima K., Suda W., Sakamoto M., Iino T., Noda S., Hongoh Y., Hattori M., Ohkuma M.* (2015) Distribution and evolution of nitrogen fixation genes in the phylum Bacteroidetes. Microbes and Environments 30(1): 44–50. https://doi.org/10.1264/jsme2.ME14142
  3. Murakami T.*, Segawa T., Bodington D., Dial R., Takeuchi N., Kohshima S., Hongoh Y. (2015) Census of bacterial microbiota associated with the glacier ice worm Mesenchytraeus solifugus. FEMS Microbiology Ecology 91(3): fiv003. https://doi.org/10.1093/femsec/fiv003
  4. Kawafune K.*, Hongoh Y., Hamaji T., Sakamoto T., Kurata T., Hirooka S., Miyagishima S., Nozaki H. (2015) Two different rickettsial bacteria invading Volvox carteri. PLoS One 10(2): e0116192. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0116192
  5. Ohkuma M.*, Noda S., Hattori S., Iida T., Yuki M., Starns D. Inoue J., Darby A.C., Hongoh Y. (2015) Acetogenesis from H2 plus CO2 and nitrogen fixation by an endosymbiotic spirochete of a termite-gut cellulolytic protist. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America 112(33): 10224–10230. https://doi.org/10.1073/pnas.1423979112
  6. Yuki M., Kuwahara H., Shintani M., Izawa K., Sato T., Starns D., Hongoh Y., Ohkuma M.* (2015) Dominant ectosymbiotic bacteria of cellulolytic protists in the termite gut also have the potential to digest lignocellulose. Environmental Microbiology 17(12): 4942–4953. https://doi.org/10.1111/1462-2920.12945
2014年
  1. Sato T., Kuwahara H., Fujita K., Noda S., Kihara K., Yamada A., Ohkuma M., Hongoh Y.* (2014) Intranuclear verrucomicrobial symbionts and evidence of lateral gene transfer to the host protist in the termite gut. The ISME Journal 8(5): 1008–1019. https://doi.org/10.1038/ismej.2013.222
  2. Kawafune K.*, Hongoh Y., Nozaki H. (2014) A rickettsial endosymbiont inhabiting the cytoplasm of Volvox carteri (Volvocales, Chlorophyceae). Phycologia 53(1): 95–99. https://doi.org/10.2216/13-193.1
  3. Suda K.*, Ueno Y., Yoshizaki M., Nakamura H., Nishiyama E., Yoshino K., Hongoh Y., Kawachi K., Omori S., Yamada K., Yoshida N., Maruyama S. (2014) Origin of methane in serpentinite-hosted hydrothermal system: the CH4-H2-H2O hydrogen isotope systematics of the Happo hot spring. Earth and Planetary Science Letters 386: 112–125. https://doi.org/10.1016/j.epsl.2013.11.001
  4. Yamaguchi H.*, Nakayama T., Hongoh Y., Kawachi M., Inoue I. (2014) Molecular diversity of endosymbiotic Nephroselmis (Nephroselmidophyceae) in Hatena arenicola (Katablepharidophycota). Journal of Plant Research 127: 241–247. https://doi.org/10.1007/s10265-013-0591-1
  5. Kudo T., Sakamoto K., Akinaga M., Kawauchi A., Nakahara T., Zhang X., Yamada A., Oshima K., Suda W., Kuwahara H., Nakamura N., Nogi Y., Kitamura K., Yuki M., Iida T., Moriya S., Inoue T., Hongoh Y., Hattori M., Ohkuma M.* (2014) Draft genome sequences of cyclodextrin-producing alkaliphilic Bacillus strains JCM 19045, JCM 19046, and JCM 19047. Genome Announcements 2(2): e00211-14. https://doi.org/10.1128/genomea.00211-14
  6. Kudo T., Kidera A., Kida M., Kawauchi A., Shimizu R., Nakahara T., Zhang X., Yamada A., Amano M., Hamada Y., Taniyama S., Arakawa O., Yoshida A., Oshima K., Suda W., Kuwahara H., Nogi Y., Kitamura K., Yuki M., Iida T., Moriya S., Inoue T., Hongoh Y., Hattori M., Ohkuma M.* (2014) Draft genome sequences of Psychrobacter strains JCM 18900,JCM 18901, JCM 18902, and JCM 18903, isolated preferentially from frozen aquatic organisms. Genome Announcements 2(2): e00280-14. https://doi.org/10.1128/genomea.00280-14
  7. Kudo T., Nakahara T., Zhang X., Taniyama S., Arakawa O., Murase S., Nakata H., Oshima K., Suda W., Kitamura K., Iida T., Oshida Y., Inoue T., Hongoh Y., Hattori M., Ohkuma M.* (2014) Draft genome sequences of Geomicrobium sp. strains JCM 19037,JCM 19038, JCM 19039, and JCM 19055, isolated from aquatic samples. Genome Announcements 2(3): e00622-14. https://doi.org/10.1128/genomea.00622-14
  8. Kudo T., Kawauchi A., Nakahara T., Zhang X., Taniyama S., Takatani T., Arakawa O., Oshima K., Suda W., Kitamura K., Iida T., Inoue T., Hongoh Y., Hattori M., Ohkuma M.* (2014) Draft genome sequences of Vibrio sp. strains isolated from tetrodotoxin-bearing scavenging gastropod. Genome Announcements 2(3): e00623-14. https://doi.org/10.1128/genomea.00623-14
  9. Segawa T.*, Ishii S., Ohte N., Akiyoshi A., Yamada A., Maruyama F., Li Z., Hongoh Y., Takeuchi N. (2014) The nitrogen cycle in cryoconites: naturally occurring nitrification-denitrification granules on a glacier. Environmental Microbiology 16(10): 3250–3262. https://doi.org/10.1111/1462-2920.12543
  10. Nakabachi A.*, Ishida K., Hongoh Y., Ohkuma M., Miyagishima S. (2014) Aphid gene of bacterial origin encodes a protein transported to an obligate endosymbiont. Current Biology 24(14): R640–641. https://doi.org/10.1016/j.cub.2014.06.038
2013年
  1. Hattori S.*, Hongoh Y., Itoh T., Deevong P., Trakulnaleamsai S., Noparatnaraporn N., Kudo T., Ohkuma M. (2013) Sporomusa intestinalis sp. nov., a homoacetogenic bacterium isolated from the gut of a higher termite, Termes comis (Termitinae). Journal of General and Applied Microbiology 59(4): 321–324. https://doi.org/10.2323/jgam.59.321
  2. Guichard P., Hachet V., Majubu N., Neves A., Demurtas D., Olieric N., Fluckiger I., Yamada A., Kihara K., Nishida Y., Moriya S., Steinmentz M.O., Hongoh Y., Gönczy P.* (2013) Native architecture of the centriole proximal region reveals novel features underlying their 9-fold radial symmetry. Current Biology 23(17): 1620–1628. https://doi.org/10.1016/j.cub.2013.06.061
  3. Nakabachi A.*, Ueoka R., Oshima K., Teta R., Mangoni A., Gurgui M., Oldham N. J., van Echten-Deckert G., Okamura K., Yamamoto K., Inoue H., Ohkuma M., Hongoh Y., Miyagishima S., Hattori M., Piel J., Fukatsu T. (2013) Defensive bacteriome symbiont with a drastically reduced genome. Current Biology 23(15): 1478–1484. https://doi.org/10.1016/j.cub.2013.06.027
  4. Zheng H., Bodington D., Zhang C., Miyanaga K., Tanji Y., Hongoh Y.*, Xing X.-H.* (2013) Comprehensive phylogenetic diversity of [FeFe]-hydrogenase genes in termite gut microbiota. Microbes and Environments 28(4): 491–494. https://doi.org/10.1264/jsme2.ME13082
  5. Nakabachi A.*, Nikoh N., Oshima K., Inoue H., Ohkuma M., Hongoh Y., Miyagishima S., Hattori M., Fukatsu T. (2013) Horizontal gene acquisition of Liberibacter plant pathogens from a bacteriome-confined endosymbiont of their psyllid vector. PLoS One 8: e82612. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0082612
2012年
  1. Kawafune K., Hongoh Y., Hamaji T., Nozaki H.* (2012) Molecular identification of rickettsial endosymbionts in the non-phagotrophic volvovalean green algae. PLoS One 7: e31749. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0031749 (プレスリリース有)
2009年
  1. Noda S., Hongoh Y., Sato T., Ohkuma M.* (2009) Complex coevolutionary history of symbiotic Bacteroidales bacteria of various protists in the gut of termites. BMC Evolutionary Biology 9: e158. https://doi.org/10.1186/1471-2148-9-158
  2. Sato T., Hongoh Y.*, Noda S., Hattori S., Ui S., Ohkuma M. (2009) Candidatus Desulfovibrio trichonymphae, a novel intracellular symbiont of the flagellate Trichonympha agilis in termite gut. Environmental Microbiology 11(4): 1007–1015 https://doi.org/10.1111/j.1462-2920.2008.01827.x
  3. Ohkuma M.*, Noda S., Hongoh Y., Nalepa C.A., Inoue T. (2009) Inheritance and diversification of symbiotic richonymphid flagellates from a common ancestor of termites and the cockroach Cryptocercus. Proceedings of the Royal Society B: Biological Sciences 276(1655): 239–245. https://doi.org/10.1098/rspb.2008.1094
2008年
  1. Hongoh Y.*, Sharma V.K., Prakash T., Noda S.,Toh H., Taylor T.D., Kudo T., Sakaki Y., Toyoda A.*, Hattori M., Ohkuma M. (2008) Genome of an endosymbiont coupling N2 fixation to cellulolysis within protist cells in termite gut. Science 322(5904): 1108–1109. https://doi.org/10.1126/science.1165578 (プレスリリース有)
  2. Hongoh Y.*, Sharma V.K., Prakash T., Noda S., Taylor T.D, Kudo T., Sakaki Y., Toyoda A.*, Hattori M., Ohkuma M. (2008) Complete genome of the uncultured Termite Group 1 bacteria in a single host protist cell. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America 105(14): 5555–5560. https://doi.org/10.1073/pnas.0801389105 (プレスリリース有)
  3. Inoue J., Noda S., Hongoh Y., Ui S., Ohkuma M.* (2008) Identification of endosymbiotic methanogens and ectosymbiotic spirochetes of gut protists of the termite Coptotermes formosanus. Microbes and Environments 23(1): 94-97 https://doi.org/10.1264/jsme2.23.94
2007年
  1. Hongoh Y.*, Sato T., Dolan M.F., Noda S., Ui S., Kudo T., Ohkuma M. (2007) The motility symbiont of the termite-gut flagellate Caduceia versatilis is a member of the "Synergistes" group. Applied and Environmental Microbiology 73(19): 6270–6276. https://doi.org/10.1128/AEM.00750-07
  2. Hongoh Y.*, Sato T., Noda S., Ui S., Kudo T., Ohkuma M. (2007) Candidatus Symbiothrix dinenymphae: bristle-like Bacteroidales ectosymbionts of termite gut protists. Environmental Microbiology 9(10): 2631–2635. https://doi.org/10.1111/j.1462-2920.2007.01365.x
  3. Yamada A., Inoue T., Noda S., Hongoh Y., Ohkuma M.* (2007) Evolutionary trend of phylogenetic diversity of nitrogen fixation genes in the gut community of wood-feeding termites. Molecular Ecology 16(18): 3768–3777. https://doi.org/10.1111/j.1365-294X.2007.03326.x
  4. Ohkuma M.*, Sato T., Noda S., Ui S., Kudo T., Hongoh Y. (2007) The candidate phylum 'Termite Group 1' of bacteria: phylogenetic diversity, distribution, and endosymbiont members of various gut flagellated protists. FEMS Microbiology Ecology 60(3): 467–476. https://doi.org/10.1111/j.1574-6941.2007.00311.x
  5. Noda S.*, Kitade O., Inoue T., Kawai M., Kanuka M., Hiroshima K., Hongoh Y., Constantino R., Uys V., Zhong J., Ohkuma M. (2007) Cospeciation in the triplex symbiosis of termite gut protists (Pseudotrichonympha spp.), their hosts, and their bacterial endosymbionts. Molecular Ecology 16(6): 1257–1266. https://doi.org/10.1111/j.1365-294X.2006.03219.x
2006年
  1. Hongoh Y.*, Deevong P., Hattori S., Inoue T., Noda S., Noparatnaraporn N., Kudo T., Ohkuma M. (2006) Phylogenetic diversity, localization, and cell morphologies of members of the candidate phylum TG3 and a subphylum in the phylum Fibrobacteres, recently discovered bacterial groups dominant in termite guts. Applied and Environmental Microbiology 72(10): 6780–6788. https://doi.org/10.1128/AEM.00891-06
  2. Hongoh Y.*, Ekpornprasit L., Inoue T., Moriya S., Trakulnaleamsai S., Ohkuma M., Noparatnaraporn N, Kudo T. (2006) Intracolony variation of bacterial gut microbiota in the fungus-growing termite Macrotermes gilvus. Molecular Ecology 15(2): 505–516. https://doi.org/10.1111/j.1365-294X.2005.02795.x
  3. Noda S., Inoue T., Hongoh Y., Kawai M., Nalepa C. A., Vongkaluang C., Kudo T., Ohkuma M.* (2006) Identification and characterization of ectosymbionts of distinct lineages in Bacteroidales attached to flagellated protists in the gut of termites and a wood-feeding cockroach. Environmental Microbiology 8(1): 11–20. https://doi.org/10.1111/j.1462-2920.2005.00860.x
  4. Nakajima H., Hongoh Y., Noda S., Yoshida Y., Usami R., Kudo T., Ohkuma M.* (2006) Phylogenetic and morphological diversity of Bacteroidales members associated with gut wall of termites. Bioscience, Biotechnology, and Biochemistry 70(1): 211–218. https://doi.org/10.1271/bbb.70.211
  5. Deevong P., Hongoh Y., Inoue T., Trakulnaleamsai S., Kudo T., Noparatnaraporn N., Ohkuma M.* (2006) Effect of temporal preservation on molecular study of complex microbial community in the gut of the termite Microcerotermes sp. Microbes and Environments 21(2): 78–85. https://doi.org/10.1264/jsme2.21.78
  6. Inoue T.*, Takematsu Y., Yamada A., Hongoh Y., Johjima T., Moriya S., Sornnuwat Y., Vongkaluang C., Ohkuma M., Kudo T. (2006) Diversity and abundance of termites along an altitudinal gradients in Khao Kitchagoot National Park, Thailand. Journal of Tropical Ecology 22(5): 609–612. https://doi.org/10.1017/S0266467406003403
2005年
  1. Hongoh Y.*, Deevong P., Inoue T., Moriya S., Trakulnaleamsai S., Ohkuma M., Vongkaluang C., Noparatnaraporn N., Kudo T. (2005) Intra- and interspecific comparisons of bacterial diversity and community structure support coevolution of gut microbiota and termite host. Applied and Environmental Microbiology 71(11): 6590–6599. https://doi.org/10.1128/AEM.71.11.6590-6599.2005
  2. Nakajima H., Hongoh Y., Usami R., Kudo T., Ohkuma M.* (2005) Spatial distribution of bacterial phylotypes in the gut of the termite Reticulitermes speratus and bacterial community on the gut epithelium. FEMS Microbiology Ecology 54(2): 247–255. https://doi.org/10.1016/j.femsec.2005.03.010
  3. Thongaram T., Hongoh Y., Kosono S.*, Ohkuma M., Trakulnaleamsai S., Noparatnaraporn N., Kudo T. (2005) Comparison of bacterial communities in the alkaline gut segment among various species of higher termites. Extremophiles 9: 229–238. https://doi.org/10.1007/s00792-005-0440-9
  4. Inoue T.*, Hongoh Y., Klangkaew C., Takematsu Y., Vongkaluang C., Noparatnaraporn N., Ohkuma M., Kudo T. (2005) Plasticity and specificity of termite nest structure (Isoptera). Sociobiology 45(3): 671–678. ResearchGate
2004年以前
  1. Hongoh Y.*, Yuzawa H., Ohkuma M., Kudo T. (2003) Evaluation of primers and PCR conditions for analysis of 16S rRNA genes from a natural environment. FEMS Microbiology Letters 221(2): 299–304. https://doi.org/10.1016/S0378-1097(03)00218-0
  2. Hongoh Y.*, Ohkuma M., Kudo T. (2003) Molecular analysis of bacterial microbiota in the gut of the termite Reticulitermes speratus (Isoptera; Rhinotermitidae). FEMS Microbiology Ecology 44(2): 231–242. https://doi.org/10.1016/S0168-6496(03)00026-6
  3. Noda S., Ohkuma M.*, Yamada A., Hongoh Y., Kudo T. (2003) Phylogenetic position and in situ identification of ectosymbiotic spirochetes on protists in the termite gut. Applied and Environmental Microbiology 69(1): 625–33. https://doi.org/10.1128/AEM.69.1.625-633.2003
  4. Thongaram T., Kosono S.*, Ohkuma M., Hongoh Y., Kitada M., Yoshinaka T., Trakulnaleamsai S., Noparatnaraporn N., Kudo T. (2003) Gut of higher termites as a niche for alkaliphiles as shown by culture-based and culture-independent studies. Microbes and Environments 18(3): 152–159. https://doi.org/10.1264/jsme2.18.152
  5. Ohkuma M.*, Noda S., Hongoh Y., Kudo T. (2002) Diverse bacteria related to the bacteroides subgroup of the CFB phylum within the gut symbiotic communities of various termites. Bioscience, Biotechnology, and Biochemistry 66(1): 78–84. https://doi.org/10.1271/bbb.66.78
  6. Hongoh Y., Ishikawa H.* (2000) Evolutionary studies on uricase of fungal endosymbionts of aphids and planthoppers. Journal of Molecular Evolution 51: 265–277. https://doi.org/10.1007/s002390010088
  7. Hongoh Y.*, Sasaki T., Ishikawa H. (2000) Cloning, sequence analysis and expression in Escherichia coli of the gene encoding a uricase from the yeast-like symbiont of the brown planthopper, Nilaparvata lugens. Insect Biochemistry and Molecular Biology 30(2): 173–182. https://doi.org/10.1016/S0965-1748(99)00116-2
  8. Hongoh Y.*, Ishikawa H. (1997) Uric acid as a nitrogen resource for the brown planthopper, Nilaparvata lugens Studies with synthetic diets and aposymbiotic insects. Zoological Science 14(4): 581-586. https://doi.org/10.2108/zsj.14.581
  9. Hongoh Y.*, Ishikawa H. (1994) Changes of mycetocyte symbiosis in response to flying behavior of alatiform aphid (Acyrthosiphon pisum). Zoological Science 11(5): 731–735. https://doi.org/10.34425/zs001264

総説・著書

下線のある著者は本郷研究室所属。*は責任著者。

総説・解説
  1. 「生き物たちの不思議な関係 第３回」
    国立科学博物館 ミルシル No.3 (2023)
    本郷 裕一*
  2. 「材食を可能とするシロアリ腸内多重共生機構の解明」
    アグリバイオ(北隆館, ニューサイエンス社) 4月号 (2020)
    本郷 裕一*
  3. 「材食を可能とするシロアリ腸内多重共生機構の解明」
    昆虫と自然（北隆館, ニューサイエンス社） 54(2): 35-38 (2019)
    本郷 裕一*
  4. 「ゲノム解析によるシロアリ腸内原生生物共生細菌の役割の解明」
    しろあり（公益社団法人日本しろあり対策協会 機関誌） 169: 12-26 (2018)
    本郷 裕一*
  5. 「環境微生物学研究に革命をもたらしたシングルセル解析」
    実験医学別冊「シングルセル解析プロトコール」 p.40-46 (2017)
    本郷 裕一*
  6. 「培養できない環境微生物の機能を解明して産業応用への道を切り拓く」
    環境報告書2017（東工大）中の「最先端の環境関連研究内容」 p.22 (2017)
    本郷 裕一*
  7. 「難培養性微生物の1細胞ゲノム解析」
    化学療法の領域（医薬ジャーナル社） 33: 90-99 (2017)
    本郷 裕一*
  8. 「シングルセル・ゲノミクスの現状と展望」
    バイオサイエンスとインダストリー (B&I) 72: 161-165 (2014)
    本郷 裕一*
  9. 「シングルセル・ゲノミクスによる未培養腸内細菌研究の可能性」
    G.I.Research（先端医学社） 22: 93-98 (2014)
    本郷 裕一*
  10. 「難培養微生物種のゲノム解析による機能解明と遺伝子資源化」
    Japanese Journal of Lactic Acid Bacteria（日本乳酸菌学会誌） 24: 167-173 (2013)
    本郷 裕一*
  11. 「難培養微生物種の全ゲノム配列取得による遺伝子資源化」
    IFO Research Communications（発酵研究所） 26: 175-185 (2012)
    本郷 裕一*
  12. Cellular symbiosis between protists and prokaryotes in termite guts
    The Japanese Journal of Protozoology 44: 115-129 (2011)
    Hongoh Y.*
  13. Toward the functional analysis of uncultivable, symbiotic microorganisms in the termite gut
    Cellular and Molecular Life Sciences 68: 1311-25 (2011)
    Hongoh Y.*
  14. Functional analysis of uncultured bacterial species by acquiring their complete genome sequences
    Soil Microorganisms 土と微生物 (Japanese Society of Soil Microbiology Journal) 64: 77-80 (2010)
    Hongoh Y.*
  15. Diversity and genomes of uncultured microbial symbionts in termite gut
    Bioscience, Biotechnology, and Biochemistry (invited review) 74: 1145-1151 (2010)
    Hongoh Y.*
  16. 「Single-cell genomicsへの展望」
    日本ゲノム微生物学会ニュース レター (2009)
    本郷 裕一*
  17. 「培養できない微生物の機能を探る」
    生物工学会誌 87: 342 (2009)
    本郷 裕一*
  18. 「シロアリ腸内微生物の多重共生」
    生物の科学 遺伝 64: 110-113 (2009)
    大熊 盛也*, 本郷 裕一
  19. 「動物と窒素固定細菌の共生は成立するか？」
    化学と生物（日本農芸化学会和文誌） 47: 307-309 （5月号表紙） (2009)
    大熊 盛也*, 本郷 裕一
  20. 「難培養性微生物のゲノム解析技術とシロアリ腸内微生物の共生機構」
    バイオインダストリー（CMC出版） 25: 81-88 (2008)
    大熊 盛也*, 本郷 裕一
  21. 「ゲノムから解き明かす難培養性細菌の機能」
    化学と生物（日本農芸化学会和文誌） 46: 742-743 (2008)
    本郷 裕一*, 大熊 盛也
  22. 「シロアリ腸内微生物の多重共生-バイオマス資源を高効率に利用する共生」
    蛋白質核酸酵素 (PNE) 53: 1841-1849 （11月号表紙） (2008)
    大熊 盛也*, 本郷 裕一, 野田 悟子
  23. 「シロアリ腸内共生微生物群の多様性とゲノム解析」
    Journal of Environmental Biotechnology（環境バイオテクノロジー学会誌） 8: 29-34 (2008)
    本郷 裕一*, 大熊 盛也
  24. Phylogenetic diversity of bacterial symbionts in the guts of wood-feeding termites
    Kasetsart Journal (invited review) 38: 45-51 (2004)
    Trakulnaleamsai S.*, Hongoh Y. , Deevong P., Noparatnaraporn N.
  25. Coevolution of symbiotic systems of termites and their gut microorganisms
    Riken Review 41: 73-74 (2004)
    Ohkuma M.*, Noda S., Hongoh Y., Kudo T.
著書
  1. 「腸内細菌の進化と多様性」
    遺伝学の百科事典 ～継承と多様性の源～（丸善出版、日本遺伝学会編）の第13章 (2022)
    本郷 裕一*
  2. Chapter 5 "Termite gut flagellates and their methanogenic and eubacterial symbionts"
    (Endo)symbiotic Methanogenic Archaea (Microbiology Monographs) (Ed. Hackstein J.H.P.) 2nd edition. SpringerNature p.55-80 (2018)
    Hongoh Y.*, Ohkuma M.
  3. 「マトリョーシカ型共生が支えるシロアリの繁栄」
    つむぐ（生命誌年刊号vol.84-87: 中村桂子編、新曜社） p.113-117 (2016)
    本郷 裕一*
  4. 「昆虫における共生の総論」
    共生微生物（化学同人、大野博司編）の第６章 p.60-74 (2016)
    本郷 裕一*
  5. 「環境ゲノミクス」「メタゲノム」「１細胞ゲノミクス」
    環境と微生物の事典（朝倉書店、微生物生態学会編） p.53-57 (2014)
    本郷 裕一*
  6. 「シロアリ腸内共生微生物群集の多様性と役割」
    シロアリの事典（海青社）の第2.1章 p.37-45 (2012)
    本郷 裕一*
  7. Chapter "Whole Genome Sequencing of Unculturable Bacterium Using Whole Genome Amplification"
    Springer Protocol: High-Throughput Next Generation Sequencing (series Methods in Molecular Biology vol.733) (Eds. Kwon Y.M., Ricke S. C.) A Humana Press p.25-33 (2011)
    Hongoh Y.*, Toyoda A.
  8. Chapter 22 "Complete genome of an uncultured endosymbiont coupling nitrogen fixation to cellulolysis within protist cells in termite gut"
    Handbook of Molecular Microbial Ecology II: Metagenomics in Different Habitats (Ed. Frans J. de Bruijn) Wiley-Blackwell p.221-227 (2011)
    Hongoh Y.*
  9. Chapter 5 "Termite gut flagellates and their methanogenic and eubacterial symbionts"
    (Endo)symbiotic Methanogenic Archaea (Microbiology Monographs 19) (Ed. Hackstein J.H.P.) Springer-Verlag p.55-79 (2011)
    Hongoh Y.*, Ohkuma M.
  10. 「腸内微生物の生態」
    シリーズ 現代の生態学 第11巻『微生物生態学』（共立出版、日本生態学会編）の第９章 p.134-148 (2011)
    本郷 裕一*
  11. 「難培養性微生物のゲノム解析技術とシロアリ腸内微生物の共生機構」
    メタゲノム解析技術の最前線（シーエムシー出版、服部正平監修）の第３章 p.118-126 (2010)
    本郷 裕一*
  12. 「統計学的微生物群集構造の解析」
    難培養微生物研究の最新技術II 〜ゲノム解析を中心とした最前線と将来展望〜（シーエムシー出版、大熊盛也・工藤俊章監修）の第５章 p.51-60 (2010)
    本郷 裕一*, 大熊 盛也
  13. 「Single Cellのゲノム解析」
    難培養微生物研究の最新技術II 〜ゲノム解析を中心とした最前線と将来展望〜（シーエムシー出版、大熊盛也・工藤俊章監修）の第13章 p.136-146 (2010)
    本郷 裕一*, 大熊 盛也
  14. Section "Diversity of non-cultured microorganisms"
    Intestinal Microorganisms of Termites and Other Invertebrates (Soil Biology Vol6) (Eds: Koenig H, Varma A) Springer-Verlag p.303-314 (2005)
    Ohkuma M.*, Hongoh Y., Kudo T.
  15. 「環境サンプルの16S rDNAクローン解析法とT-RFLP解析法」
    難培養微生物研究の最新技術（シーエムシー出版、大熊盛也・工藤俊章監修）の第４章 p.33-44 (2004)
    本郷 裕一*

広報活動

プレスリリース
  1. 「シロアリ腸内の原生生物の表面共生細菌がリグノセルロース分解に寄与 〜1細胞の細菌をゲノム解析することで解明〜」
    理化学研究所 (2015.07.06)
  2. 「シロアリは腸内微生物によって高効率にエネルギーと栄養を獲得」
    理化学研究所（日刊工業新聞などが紹介記事） (2015.05.11)
  3. 「はじめて分子同定された植物細胞内感染性リケッチア」
    東京大学 (2012.02.23)
  4. 「シロアリの強力な木質分解能を支える驚異の腸内共生機構を解明」
    理化学研究所（New York Times, International Herald Tribune, 読売新聞, 共同通信などが紹介記事） (2008.11.14)
  5. 「シロアリ腸内微生物のゲノム解読に世界で初めて成功」
    理化学研究所（日経BP, 時事通信などが紹介記事） (2008.04.01)
メディア活動
  1. 教育情報誌「DreamNavi」8月号 村上匠 研究員のインタビューと研究紹介記事 (2017.06.16)
  2. 教育情報誌「DreamNavi」1月号 インタビューと研究紹介記事 (2015.11.19)
  3. JT生命誌ジャーナル 研究紹介記事「マトリョーシカ型共生が支えるシロアリの繁栄」 (2015.09.15)
  4. 日経バイオテクONLINE 研究内容紹介 (2014.04.14)
  5. TBSラジオ「久米宏 ラジオなんですけど」インタビュー (2013.02.09)
  6. TBSラジオ「森本毅郎・スタンバイ」インタビュー (2012.10.23)
  7. TBSラジオ「夢★夢engine!」出演 (2012)
  8. 日経産業新聞 人物紹介記事 (2012)
  9. RIKEN Research誌 "Partners in crime" (2009.05.29)
  10. Science 日本事務所編集「サイエンスに載った日本人」 (2009)
  11. NHK教育TV「サイエンスZERO」 共に生きる生物の不思議な関係 (2009.01.18)
  12. RIKEN Research誌 "Bugs helping bugs" (2008.08.01)
  13. NHK教育TV「サイエンスZERO」 共生から生物進化の謎に迫る (2008.06.08)
紹介記事リンク
  1. 日経バイオテクONLINE (2014.04.14)
  2. GenomeWeb (2008.04.09)
  3. In Sequence (2008.04.15)
  4. International Herald Tribune (NYT) (2008.11.09)
  5. Elementy (2008.11.12)
  6. The New York Times (2008.11.14)
  7. Sueddeutche (2008.11.14)
  8. Taipei Times (2008.12.11)

受賞

下線のある受賞者は本郷研究室所属。

  1. 優秀発表賞
    日本ゲノム微生物学会 第19回大会（かずさ） (2025)
    野村 多聞, 齋藤 祟登, 室岡 聡, 猪飼 桂, 高橋 一樹, 村上 匠, 佐藤朋之, 大熊 盛也, 本郷 裕一
    「Alphaproteobacteria 綱細菌の他種細菌との付着共生の発見とゲノム解析」
  2. ポスター賞
    日本微生物生態学会 第37回大会（広島） (2024)
    丸岡 直弥, 工藤 凜平, 猪飼 桂, 大熊 盛也, 本郷 裕一
    「Endomicrobiaceae 科細菌における原生生物細胞表面共生体および細胞内共生体の比較ゲノム解析」
  3. Rising to the Challenge Award
    第36回日本微生物生態学会 (JSME) & 第13回アジア微生物生態学会 (ASME)（浜松） (2023)
    Kazuki Takahashi, Hirokazu Kuwahara, Yutaro Horikawa, Kazuki Izawa, Tatsuya Inagaki, Masahiro Yuki, Moriya Ohkuma, Yuichi Hongoh
    “Discovery and evolution of obligately-intracellular parasites belonging to the class Clostridia”
  4. Best Presentation Award
    日本共生生物学会 第７回大会（京都） (2023)
    猪飼 桂, 高橋 雄大, 守川 貴裕, 大熊 盛也, 山田 明徳, 井上 徹志, 本郷 裕一
    「シロアリ腸内原生生物の相利共生体への進化」
  5. 大隅ジャーナル賞
    高橋 一樹
    “Emergence of putative energy parasites within Clostridia revealed by genome analysis of a novel endosymbiotic clade” (The ISME Journal) (2023)
  6. ポスター賞
    日本微生物資源学会 第29回大会（つくば） (2023)
    丸岡 直弥, 工藤 凛平, 猪飼 桂, 雪 真弘, 大熊 盛也, 本郷 裕一
    「シロアリ・キゴキブリ腸内原生生物に共生する新規Deferribacterota 門細菌の発見と1細胞ゲノム解析」
  7. 優秀若手発表賞
    日本共生生物学会 第５回大会（オンライン） (2021)
    高橋 一樹, 桑原 宏和, 堀川 雄太郎, 伊澤 和輝, 雪 真弘, 大熊 盛也, 本郷 裕一
    「細胞内寄生性Clostridiales 目細菌の生存戦略と進化プロセス」
  8. 大隅ジャーナル賞
    竹内（糟谷） 真理子
    “Parallel reductive genome evolution in Desulfovibrio ectosymbionts independently acquired by Trichonympha protists in the termite gut” (The ISME Journal) (2020)
  9. コラファス賞
    Yuniar Devi Utami
    “Molecular ecological studies of uncultured rare bacterial groups in the termite gut” (2019)
  10. 若手発表賞
    日本共生生物学会 第３回大会（横浜） (2019)
    竹内 真理子, 桑原 宏和, 村上 匠, 梶谷 嶺, 豊田 敦, 伊藤 武彦, 大熊 盛也, 本郷 裕一
    「独立にゲノム縮小したシロアリ腸内原生生物細胞表面共生Desulfovibrio 属細菌の適応進化」
  11. 最優秀ポスター賞
    日本ゲノム微生物学会 第12回大会（京都） (2017)
    名倉 有一, 桑原 宏和, 原田 真実, 豊田 敦, 大熊 盛也, 本郷 裕一
    「シロアリ腸内原生生物の核内に共生する未培養Verrucomicrobia 門細菌の多様性とゲノム解析」
  12. Best Presentation Award
    日本共生生物学会 第１回大会（つくば） (2017)
    川舩 かおる, 桑原 宏和, 坂本 智昭, 倉田 哲也, 廣岡 俊亮, 宮城島 進也, 野崎 久義, 本郷 裕一
    「光合成生物の細胞質内に共生するリケッチアのゲノム解析」
  13. 2nd Poster Prize
    7th Intgernational Conference on Polar & Alpine Microbiology (PAM2017) (Nuuk, Greenland) (2017)
    Takumi Murakami, Takahiro Segawa, Nozomu Takeuchi, Pedro Labarca, Gonzalo Barcaza Sepulveda, Shiro Kohshima, Yuichi Hongoh
    "Analyses of bacterial community structures associated with glacier-adapted invertebrates”
  14. 優秀ポスター賞
    日本進化学会 第18回大会（東京） (2016)
    名倉 有一, 原田 真美, 伊澤 和輝, 村上 匠, 大熊 盛也, 本郷 裕一
    「シロアリ腸内原生生物核内共生細菌の多様性と進化」
  15. 優秀発表賞
    日本ゲノム微生物学会 第10回大会（東京工業大学） (2016)
    金城 幸宏, 本郷 裕一, 徳田 岳, 大熊 盛也
    「共生における非適応形質の進化：細胞内共生細菌ゲノムにおける不正確な遺伝子発現の適応的意義」
  16. ポスター賞
    環境微生物系学会 合同大会（浜松） (2014)
    村上 匠, 瀬川 高弘, Dylan Bodington, 竹内 望, 幸島 司郎, 本郷 裕一
    「氷河環境に特化したコオリミミズの共生細菌群集構造解析」
  17. 優秀発表賞
    日本ゲノム微生物学会 第８回大会 （東京農業大学） (2014)
    桑原 宏和, 雪 真弘, 伊藤 武彦, 大熊 盛也, 本郷 裕一
    「シロアリ腸内原生生物に細胞内共生するDesulfovibrio 属細菌のゲノム解析」
  18. 優秀ポスター賞
    日本微生物生態学会 第29回大会（鹿児島大学） (2013)
    藤田 一磨, 佐藤 朋之, 桑原 宏和, 野田 悟子, 大熊 盛也, 本郷 裕一
    「シロアリ腸内原生生物核内共生細菌の同定と宿主への遺伝子水平伝播」
  19. Best Poster Award
    18th International Congress on Nitrogen Fixation (ICNF18) (Miyazaki, Japan) (2013)
    Ajeng K. Pramono, Akinori Yamada, Hirokazu Kuwahara, Yuji Mochizuki, Takako Mabuchi, Osamu Kitade, Nathan Lo, Shigeharu Moriya, Atsushi Toyoda, Takehiko Itoh, Moriya Ohkuma, Yuichi Hongoh
    "Comparative genomics of the nitrogen-fixing endosymbionts of the cellulolytic protists Pseudotrichonympha spp. in the gut of termites"
  20. ベストポスター賞
    日本木材保存協会 第29回大会（東京） (2013)
    菅谷 快斗, 山田 明徳, 河内 雅人, 本郷 裕一
    「害虫種シロアリには特徴的な腸内細菌相が見られるのか？」
  21. 優秀ポスター賞
    日本木材保存協会 第29回大会（東京） (2013)
    山田 明徳, 樋口 真士, Warin Boonriam, 木原 久美子, 本郷 裕一
    「シロアリによる木材劣化の時空間パターン ～熱帯林における倒木の分解とシロアリ相との関係から～」
  22. 優秀ポスター賞
    日本微生物生態学会 第28回大会（豊橋技科大学） (2012)
    木原 久美子, 小山 純弘, 守屋 繁春, 本郷 裕一
    「シロアリ腸内から生きた共生細菌だけを電極基板で分けとる方法の開発」
  23. 東工大挑戦的研究賞
    本郷 裕一
    「培養不能微生物のsingle cell genomicsによる遺伝子資源化」 (2009)
  24. 日本農学進歩賞
    本郷 裕一
    「難培養性細菌のゲノム解析によるシロアリ腸内共生機構の解明」 (2009)
  25. 日本農芸化学会奨励賞
    本郷 裕一
    「ゲノム解析によるシロアリ腸内共生難培養性細菌の機能解明」 (2009)
  26. 日本ゲノム微生物学会奨励賞
    本郷 裕一
    「ゲノム解析によるシロアリ腸内共生難培養性細菌の機能解明」 (2009)
  27. 優秀ポスター賞（共同受賞）
    日本微生物生態学会 第24回大会（北海道大学） (2008)
    佐藤 朋之, 本郷 裕一, 宇井 定春, 大熊 盛也
    「シロアリ腸内原生生物に細胞内共生するAlphaproteobacteria 新属細菌の検出と分子系統解析」
  28. Excellent Poster Award
    7th International Workshop on Advanced Genomics (IWAG-7) (Tokyo, Japan) (2007)
    Hongoh Y., Sharma V.K., Prakash T., Toyoda A., Hattori M., Ohkuma M.
    "Complete genome of an uncultured bacterial symbiont in the termite gut"
  29. カセサート大学（タイ）優秀研究賞
    Trakulnaleamsai S., Hongoh Y., Deevong P., Noparatnaraporn N.
    "Phylogenetic study of bacterial symbionts in the gut of wood-feeding termites" (2005)
  30. Best Poster Award
    10th International Congress for Culture Collections (ICCC-10) (Tsukuba, Japan) (2004)
    Hongoh Y., Ohkuma M., Trakulnaleamsai S., Deevong P., Inoue T., Vongkaluang C., Noparatnaraporn N., Kudo T.
    "Novel (sub)divisional lineages of bacteria found from the gut of termites"

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